Журналисты побывали в пострадавших кишлаках Ходжаи Аъло и Сомониён Исфары и опубликовали фотографии обширных разрушений и поджогов домов. Власти Кыргызстана заявляют, что в Баткенской области в результате конфликта 28 и 29 апреля были повреждены 78 домов, две школы и другие здания.
Конфликт начался вечером 28 апреля: небольшая группа граждан Таджикистана попыталась установить камеру наблюдения на водозаборе «Головной» в селе Ходжаи Аъло. Он сбрасывает воду в каналы, идущие в Кыргызстан и Таджикистан. Ситуация привела к конфронтации: перепалка переросла в драку, а затем в метание камней, когда к столкновениям подключились жители Кок-Таша и близлежащего Ходжа Ало. На следующий день ситуация на границе обострилась и привела к перестрелке между военными двух стран, которая продолжалась почти до полуночи.
1 мая в Баткенской области прошли переговоры правительственных делегаций по делимитации и демаркации кыргызско-таджикской границы, возглавляемых председателями ГКНБ двух стран. По итогам встречи стороны заявили о полном прекращении огня и отводе войск в места постоянной дислокации.
Сообщения о жертвах конфликта, который никогда прежде не разрастался до такой интенсивности, разнятся. Официальные лица Кыргызстана заявляют, что в ходе столкновений 34 человека были убиты и 178 ранены. Среди погибших оказалась 12-летняя кыргызская девочка Мадина Рахматжанова.
Власти Таджикистана не обнародовали никакой официальной информации о погибших, но Радио Озоди на сегодняшний день установило личности 16 погибших, включая офицеров и гражданских лиц.
Таджикистан и Кыргызстан начали работу по демаркации и делимитации госграницы в 2002 году и договорились по 60 процентам границы. В настоящее время из 976 км межгосударственной границы делимитированы и демаркированы только 504 км. Такая ситуация зачастую приводит к разногласиям по вопросам использования воды и земель между жителями приграничных зон. Нередко такие конфликты приводят к человеческим жертвам.