Джунайдулло Худоёров был задержан 22 июня в поселке Березово в ХМАО. Ранее в распоряжении Радио Озоди оказался документ, где говорится, что Худоёров задержан по запросу Раштского РОВД. В документе, подписанном начальником РОВД генерал-майором М. Саидзода, говорилось, что Джунайдулло Худоёров подозревается в хулиганстве (ч.3 ст. 237 УК РТ).
Родственники активиста сообщили Радио Озоди 23 октября, что два адвоката пытаются помешать экстрадиции своего подзащитного в Таджикистан и помочь ему получить в РФ статуса беженца. Хан-Герей Разов, один из адвокатов Джунайдулло Худоёрова в письме на имя президента и генерального прокурора Таджикистана попросил проверить истинные причины возбуждения уголовного дела против своего подзащитного. В письме, отправленном адвокатом еще в августе этого года, адвокат попросил прокуратуру Раштского района провести новое расследование по делу Худоёрова и сообщить ему о результатах. По словам адвокатов, прошло два месяца, никакого ответа они не получили, было ли проведено повторное расследование, неизвестно.
В прокуратуре Раштского района на звонки Радио Озоди не ответили.
Власти Таджикистана и России задержание Джунайдулло Худоёрова и возбуждение уголовного дела против него не прокомментировали. Ранее сам Худоёров в коротком видео из зала суда сообщил, что его задержали по жалобе родственников молодого человека, который был признан виновным и осужден за убийство его племянника Алиризо Худоёрова.
21-летний Алиризо Худоёров, студент Раштского государственного университета, был убит 11 июля 2021 года ударом ножа во время конфликта в селении Яшм Раштского района. По данному факту были задержаны, а затем осуждены двое человек.
Джунайдулло Худоёров в 2017 году был осужден к 5 годам лишения свободы за то, что он якобы имел связи с запрещенным в Таджикистане движением «Салафия», но спустя год и 10 месяцев вышел на волю по амнистии. Он назвал обвинение в свой адрес безосновательным.
Джунайдулло Худоёров после освобождения из колонии отправился на заработки в Россию. В родное село он вернулся после того, как ему сообщили об убийстве племянника. Спустя некоторое время он снова уехал на заработки в Россию.
В 2022 году суд признал 66-летнюю мать Джунайдулло Худоёрова виновной в хулиганстве и приговорил ее к 2 годам домашнего ареста. По версии следствия, жительница Раштского района Мавджигуль Гарибова нанесла телесные повреждения односельчанину Алишеру Насриддинову. Осужденная не признала свою вину. Алишер Насриддинов — брат одного из осужденных по делу убийства Алиризо Худоёрова.
Джунайдулло Худоёров и его брат - руководитель отделения Социал-демократической партии в Раштском районе Фарход Худоёров неоднократно критиковали работу местных властей, из-за чего, по их словам, часто подвергались преследованиям.