В 2013 году Исмоилова приговорили к 11 годам лишения свободы по обвинению в вымогательстве, хотя он не признал себя виновным и с самого начала называл свой арест «местью властей» за публикацию критических статей и разоблачение их недостатков в Аштском районе Согдийской области.
В 2013 году правоохранительные органы сообщили, что Исмоилов был задержан при получении 400 сомони от женщины. Суд приговорил его к 11 годам лишения свободы, правозащитники назвали его приговор «суровым».
В своем первом интервью после освобождения для Радио Озоди он сказал, что, хотя и отбыл срок в тюрьме строгого режима, он пребывает в хорошем здравии и настроении.
Мухаммадюсуф Исмоилов: Спасибо всем журналистам, которые все это время поддерживали меня. Отдельно хотел бы поблагодарить коллег, которые встали на мою защиту в 2014 году. Именно их усилия и статьи дали мне силы и веру.
Радио Озоди: Чем вы занимались в заключении все эти годы?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Люди там ничем не заняты. И нет никакой работы. Там и распорядок другой.
Радио Озоди: Можете рассказать, как проходит день заключенного?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Ночной сон с 21:00 до 5:30. Трижды в день нас выстраивали на плацу и считали. Нас там было примерно 1200 человек. В уставе предусмотрена работа, но фактически ее нет.
Радио Озоди: Вы писали и в заключении?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Да, я писал и там. Надзиратели не разрешали заключенным ничего писать. Все писали тайком. Я писал заявления в суд и прокуратуру и отдавал надзирателям. К сожалению, они не передавали ничего по адресу.
Радио Озоди: У вас был доступ к радио?
Мухаммадюсуф Исмоилов: В 2018 году, когда в колонии был подавлен бунт, нам объявили, что по распоряжению начальника главного управления исполнения уголовного наказания генерала Мансура Умарова слушать радио запрещено. У всех изъяли радио, только у меня не забрали. Они знали, что я журналист, и могу написать жалобу.
Радио Озоди: А как к вам относились другие заключенные?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Ко мне очень хорошо относились. Нас было в казарме 80 человек – это такое помещение как зал, заставленное впритык двухъярусными металлическими кроватями. А по стандартам расстояние между кроватями должно быть не менее 1,5 метра. Другие осужденные гордились, что с ними сидит человек, который пересказывает им новости из радио и газет.
Радио Озоди: Вы провели в колонии 8 лет и 10 месяцев. Теперь, когда вы на свободе, можете сказать, была ли на вас вина или вы отсидели такой срок ни за что?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Я до сих пор не считаю себя виновным. Я служил народу. Я боролся с терроризмом, но угодил за решетку.
Радио Озоди: Но вас обвинили в вымогательстве взятки.
Мухаммадюсуф Исмоилов: Да, это так и было, но та женщина, которая обвинила меня в вымогательстве, через год написала мне, что ее вынудили сделать это. Я не виню ту женщину, силовики на нее надавили. В конце концов, она пожалела о содеянном. Позже ее обвинили в незаконной сделке с землей и осудили на 9 лет. В 2019 году она вышла на свободу по амнистии, а в 2020-м опять за что-то угодила за решетку. Я слышал, что на этот раз на 18 лет.
Радио Озоди: Вы не имеете права заниматься журналистской деятельностью в течение трех лет. Какие у вас планы? Чем хотите заняться?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Говорят, что настоящему мужчине и 40 ремесел мало. Я постараюсь писать юмористические рассказы для газеты. Это же не запрещено. В свое время театр «Хандинкамон» поставил юмористические сценки по моим рассказам. Получаю пенсию 230 сомони. Один из сыновей трудится в России.
Радио Озоди: Что посоветуете коллегам? Как вы думаете, как работать журналистам в сегодняшних условиях?
Мухаммадюсуф Исмоилов: Почти девять лет я провел в тюрьме. Хочу обратиться к журналистам государственных СМИ, которые всегда пишут хвалебные статьи, что это ни в коей мере не означает идти в ногу с политикой президента страны. Если вы хотите, чтобы наш Таджикистан процветал, если вы хотите сделать большой шаг вперед к 35-летию независимости, если вы хотите, чтобы наши дороги были добротными, если вы хотите, чтобы наша молодежь добровольно шла в армию, если вы хотите, чтобы люди стояли на страже нашей нации, если вы хотите, чтобы промышленность нашей страны развивалась, чтобы наши мужчины не ездили на заработки в Россию, а благоустраивали нашу страну и не разлучались со своими женами и детьми, почтительно прошу вас опубликовать полную беседу со мной, чтобы это прочли президент и другие люди.